L’équipe “Bioinformatique Structurale” a deux objectifs principaux :

1. Développer des méthodes permettant d’étudier la relation séquence-structure-dynamique-fonction des protéines, en privilégiant des approches originales (modes normaux, alphabet structural…). Plus particulièrement:
   • la relation séquence-structure: des alphabets structuraux sont développés, notamment dans le but de prédire des structures locales et tertiaires (problème de la reconnaissance de repliements).
   • la relation structure-flexibilité: l’analyse en modes normaux est utilisée pour produire des jeux de conformères de protéines capables de récapituler ceux observés lors de simulations de dynamique moléculaire, ainsi que pour évaluer l’importance du rôle de l’énergie libre vibrationnelle dans les phénomènes de reconnaissance moléculaire.
   • la relation structure-fonction : cette relation est notamment étudiée dans le cadre de nos travaux consacrés aux phénomènes de reconnaissance protéine-molécule odorante.
     Les méthodes développées sont mises à disposition de la communauté sous forme de sites web : Protein Blocks Expert, Elnémo, etc.
2. Contribuer aux interprétations de résultats expérimentaux obtenus par nos collaborateurs. C’est l’occasion pour nous de tester des méthodes standards dans des cas autres que les systèmes modèles les plus populaires de notre domaine, telles que les simulations de dynamique moléculaire classique, les méthodes d’arrimage protéine-ligand ou protéine-protéine. Nous travaillons notamment sur les complexes protéine-(oligo)saccharide, en collaboration avec l’équipe de Glycobiologie. Le problème de la reconnaissance protéine-protéine est quand à lui abordé dans le cadre d’une importante collaboration régionale (le projet PIRAMID).
   Les analyses effectuées sont mises à disposition de la communauté sous forme de sites web : dockNmine, Proteocarb, etc.