Thèses & HDR
1 soutenance de thèse à venir
- Lieu : Amphithéâtre Pasteur, bâtiment 2, campus Lombarderie
12 thèses en cours
- développer et optimiser un système microfluidique multifonctionnel miniaturisé permettant d'isoler, de concentrer et de cultiver en 3D les CTCs des patients (« système 3 en 1 »: pré-enrichissement, isolement. culture),
- étudier l'impact du microenvironnement tumoral (co-cultures) sur le développement en 3D des CTCs (micro-tumeurs)et leurs propriétés (moléculaires) à l'aide de microchambres.
- cribler de nouvelles molécules thérapeutiques à l'aide de ces systèmes « 3en 1».
30 thèses soutenues depuis 2015
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Etude de la régiosélectivité de la glucosylation enzymatique de polyphénols à l'aide de mutants des sucrose phosphorylases de Bifidobacterium adolescentis et d'Alteromonas mediterranea. Pour ce faire, quatre polyphénols ont été considérés : le resvératrol (stilbène), la (+)-catéchine (flavan-3-ol), la quercétine et le kaempférol (flavonols).
Les enzymes natives et leurs mutants ont été produits, purifiés et caractérisés. Leur capacité à catalyser la transglucosylation a été évaluée sur les quatre polyphénols cibles. Les réactions enzymatiques ont été suivies par HPLC analytique et les produits ⍺-glucosylés séparés par HPLC préparative. Des analyses par UPLC-MS, RMN et spectrométrie de masse ont permis de valider les structures des composés ⍺-glucosylés obtenus. Les interactions stabilisantes entre les polyphénols et le site actif des enzymes ont été déterminées par une étude in silico d’arrimage moléculaire.
La combinaison de l'approche expérimentale de synthèse et d'identification des formes glucosylées des polyphénols, et de l'approche de modélisation bioinformatique par ancrage moléculaire a permis d'apporter des éléments nouveaux de compréhension du mécanisme de glucosylation des sucrose phosphorylases.
Les conclusions de ces recherches pourront mener au développement de nouveaux outils enzymatiques afin de contrôler à façon la régiosélectivité de la glucosylation des polyphénols par des sucrose phosphorylases.
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L'ostéosarcome est une tumeur osseuse primaire rare, qui touche principalement les enfants et les adolescents. C’est une maladie de mauvais pronostic, en particulier pour les patients atteints d'une maladie métastatique. Une mauvaise réponse thérapeutique aux traitements conventionnels comme la chimiothérapie est observée avec le développement de métastases pulmonaires, soulignant la nécessité d'améliorer les schémas thérapeutiques actuels et l'identification de marqueurs précoces de la maladie récurrente et métastatique. Les cellules tumorales circulantes (CTC) jouent un rôle clé dans le processus métastatique et pourraient être de puissants biomarqueurs de la maladie évolutive. La présente étude visait à isoler les CTCs en utilisant un modèle préclinique d'ostéosarcome humain et de suivre leur cinétique de libération et leur modulation par l'ifosfamide. Les CTCs étaient détectables dans circulation sanguine avant toute tumeur primaire palpable. L'ifosfamide a augmenté le nombre de CTC et, au contraire, a diminué le nombre de nodules tumoraux pulmonaires. Sur les tumeurs établies, l'ifosfamide a ralenti la croissance tumorale et n'a pas moduler le nombre de CTC qui pourrait s'expliquer par une libération de cellules cancéreuses de la tumeur primaire avec une réduction des propriétés d'induction de métastases pulmonaires. Cette étude met en évidence l'intérêt biologique des CTCs dans l'ostéosarcome comme marqueur précoce de la maladie récidivante.
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3 HDR soutenues depuis 2020
Le développement de la vie a été un processus long, parsemé de longues évolutions et de transitions rapides, parfois façonnés par des changements climatiques majeurs. Cette histoire a mené à la complexité actuelle du vivant que nous commençons à comprendre de mieux en mieux.
Ainsi, après des siècles d’étude minutieuse du vivant par les naturalistes, les avancées scientifiques et technologiques des deux derniers siècles ont permis un changement de paradigme dans notre compréhension du vivant à l’échelle moléculaire. Je présente dans ce document une présentation rapide de mes travaux de recherche principalement basés sur des approches in silico de modélisation moléculaire. Ces travaux n’ont pu exister que par le travail de nombreux étudiants que j’ai eu le plaisir d’encadrer. J’ai cherché à leur montrer qu’il fallait dans un premier temps modéliser la structure de protéines isolées ou en complexe, puis dans un deuxième temps de rechercher et d’optimiser des petits ligands chimiques capables de bloquer spécifiquement un état d’une protéine. J’ai aussi mis en ligne avec ces étudiants, sous la forme de bases de données et de serveurs web, plusieurs services qui permettent d’accéder à des informations autrement difficiles à rassembler. Je conclus ce mémoire par une présentation de la suite envisagée pour mes recherches.