Responsable : Leila TIRICHINE

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Les microalgues sont à la base de la chaîne alimentaire de l’écosystème marin. Elles jouent un rôle primordial dans l’équilibre de notre planète grâce à leur fonction de photosynthèse qui fait d’elle le premier producteur d’oxygène et un véritable puits de carbone. Au-delà de leur importance écologique, elles représentent une source importante de composés bioactifs utilisés dans les industries pharmaceutiques, agroalimentaires, cosmétiques et de l’énergie.

Malgré leur importance écologique et économique, les bases moléculaires impliquées dans la réponse des microalgues à leur environnement et l’impact des changements que connaît notre planète sur leur devenir et évolution sont très peu connus. Nous étudions les mécanismes moléculaires en particulier épigénétiques, notamment la méthylation de l’ADN et les modifications post-traductionnelles des histones impliquées dans la réponse des micro-algues aux facteurs biotiques et abiotiques de l’environnement. Nous utilisons des approches multi-échelles, de la cellule entière/génome aux gènes, combinées à de la bioinformatique intégrative pour comprendre la biologie des modèles/systèmes étudiés en tant qu’entité et dans un contexte plus globale. Nous nous intéressons plus particulièrement à un groupe dominant des micro-algues, les diatomées et utilisons des espèces modèles ainsi que des approches moléculaires pluridisciplinaires pour comprendre comment les diatomées répondent aux contraintes biotiques et abiotiques des océans actuels. Nous utilisons des espèces modèles et non modèles pour étudier les interactions des diatomées avec les bactéries en particulier de type diazotrophe.

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Publications

3 publications

Manirakiza, Eric; Chaumier, Timothée; Tirichine, Leïla

Genomic sequences and annotations of two Pseudomonas species isolated from marine and terrestrial habitats Article de journal

Dans: Microbiol Resour Announc ., vol. -, iss. -, no. -, p. e0037324, 2024.

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Zarif, Mhammad; Rousselot, Ellyn; Jesus, Bruno; Tirichine, Leïla; Duc, Céline

H3K27me3 and EZH Are Involved in the Control of the Heat-Stress-Elicited Morphological Changes in Diatoms Article de journal

Dans: Int. J. Mol. Sci., vol. 25, iss. 15, p. 8373, 2024.

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Timothée, Chaumier; Yang, Feng; Manirakiza, Eric; Ait-Mohamed, Ouardia; Wu, Yue; Chandola, Udita; Jesus, Bruno; Piganeau, Gwenael; Groisillier, Agnès; Tirichine, Leila

Genome-wide assessment of genetic diversity and transcript variations in 17 accessions of the model diatom Phaeodactylum tricornutum Article de journal

Dans: ISME Communications, vol. 4, iss. 1, p. ycad008, 2024.

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8 publications

Lin, Xin; Tirichine, Leïla; Zhang, Xu

The dynamic duo: how DNA methylation and gene transcription help diatoms thrive in modern oceans Article de journal

Dans: Journal of Experimental Botany, vol. 74, iss. 14, p. 3879–3882, 2023, ISSN: 00220957.

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Hisanaga, Tetsuya; Romani, Facundo; Wu, Shuangyang; Kowar, Teresa; Wu, Yue; Lintermann, Ruth; Fridrich, Arie; Cho, Chung Hyun; Chaumier, Timothée; Jamge, Bhagyshree; Montgomery, Sean A; Axelsson, Elin; Akimcheva, Svetlana; Dierschke, Tom; Bowman, John L; Fujiwara, Takayuki; Hirooka, Shunsuke; Miyagishima, Shin-Ya; Dolan, Liam; Tirichine, Leila; Schubert, Daniel; Berger, Frédéric

The Polycomb repressive complex 2 deposits H3K27me3 and represses transposable elements in a broad range of eukaryotes Article de journal

Dans: Current Biology, vol. 33, iss. 20, p. 4367-4380.e9, 2023.

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Wu, Yue; Tirichine, Leila

Chromosome-Wide Distribution and Characterization of H3K36me3 and H3K27Ac in the Marine Model Diatom Phaeodactylum tricornutum Article de journal

Dans: Plants (Basel), vol. 12, iss. 15, p. 2852, 2023.

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Wu, Yue; Chaumier, Timothée; Manirakiza, Eric; Veluchamy, Alaguraj; Tirichine, Leila

PhaeoEpiView: an epigenome browser of the newly assembled genome of the model diatom Phaeodactylum tricornutum Article de journal

Dans: Scientific Reports , vol. 13, p. 8320, 2023, ISSN: 2045-2322.

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Hoguin, Antoine; Yang, Feng; Groisillier, Agnès; Bowler, Chris; Genovesio, Auguste; Ait-Mohamed, Ouardia; Vieira, Fabio Rocha Jimenez; Tirichine, Leila

The model diatom Phaeodactylum tricornutum provides insights into the diversity and function of microeukaryotic DNA methyltransferases Article de journal

Dans: Communications Biology, vol. 6, iss. 1, no. 1, p. 253, 2023, ISSN: 23993642.

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Tirichine, Leila; Piganeau, Gwenael

Editorial: Algal symbiotic relationships in freshwater and marine environments Article de journal

Dans: Front. Plant Sci., 2023.

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Shao, Zhanru; andFabio Vieira, Osei Ampomah; Dorrell, Richard; Li, Shaoxuan; Tirichine, Leila; Bulone, Vincent; Duan, Delin; Bowler, Chris

Characterization of a Marine Diatom Chitin Synthase Using a Combination of Meta-Omics, Genomics, and Heterologous Expression Approaches. Article de journal

Dans: mSystems, 2023.

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Poulet, Axel; Rousselot, Ellyn; Téletchéa, Stéphane; Noirot, Céline; Jacob, Yannick; Wolfswinkel, Josien; Thiriet, Christophe; Duc, Céline

The Histone Chaperone Network Is Highly Conserved in Physarum polycephalum Article de journal

Dans: International Journal of Molecular Sciences, vol. 24, no. 2, 2023, ISSN: 1422-0067.

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7 publications

Chandola, Udita; Trottier, Camille; Gaudin, Marinna; Manirakiza, Erik; Menicot, Samuel; Louvet, Isabelle; Lacour, Thomas; Chaumier, Timothée; Tanaka, Atsuko; Chaffron, Samuel; Tirichine, Leila

Combined in vivo and in situ genome-resolved metagenomics reveals novel symbiotic nitrogen fixing interactions between non-cyanobacterial diazotrophs and microalgae Article de journal À paraître

Dans: bioRxiv, À paraître.

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Wu, Yue; Timothée, Chaumier; Manirakiza, Eric; Veluchamy, Alaguraj; Tirichine, Leila

PhaeoEpiView: An epigenome browser of the newly assembled genome of the model diatom Phaeodactylum tricornutum Article de journal À paraître

Dans: bioRxiv, À paraître.

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Sulser, Sandra; Vucicevic, Andrea; Bellini, Veronica; Moritz, Roxane; Delavat, François; Sentchilo, Vladimir; Carraro, Nicolas; van der Meer, Jan Roelof

A bistable prokaryotic differentiation system underlying development of conjugative transfer competence Article de journal

Dans: Plos Genetics, vol. 18, iss. 6, p. e1010286, 2022.

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Zhao, Xue; Hoguin, Antoine; Chaumier, Timothée; Tirichine, Leila

Epigenetic Control of Diatom Genomes: An Overview from In Silico Characterization to Functional Studies Chapitre d'ouvrage

Dans: Falciatore, Angela; Mock, Thomas (Ed.): The Molecular Life of Diatoms, p. 179–202, Springer International Publishing, Cham, 2022, ISBN: 978-3-030-92499-7.

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Sorée, Marion; Delavat, François; Lambert, Christophe; Lozach, Solen; Papin, Mathias; Petton, Bruno; Passerini, Delphine; Dégremont, Lionel; Heath, Dominique Hervio

Life history of oysters influences Vibrio parahaemolyticus accumulation in Pacific oysters (Crassostrea gigas ) Article de journal

Dans: Environmental Microbiology, p. 1462–2920.15996, 2022, ISSN: 1462-2912, 1462-2920.

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Bourdareau, Simon; Godfroy, Olivier; Gueno, Josselin; Scornet, Delphine; Coelho, Susana M.; Tirichine, Leila; Cock, Jean Mark

An Efficient Chromatin Immunoprecipitation Protocol for the Analysis of Histone Modification Distributions in the Brown Alga Ectocarpus Article de journal

Dans: Methods Protoc. , vol. 36, iss. 3, p. 36, 2022.

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Gueno, Josselin; Borg, Michael; Bourdareau, Simon; Cossard, Guillaume; Godfroy, Olivier; Lipinska, Agnieszka; Tirichine, Leila; Cock, J Mark; Coelho, Susana M

Chromatin landscape associated with sexual differentiation in a UV sex determination system Article de journal

Dans: Nucleic Acids Res, vol. 50, iss. 6, p. 3307-3322, 2022, ISSN: 1362-4962.

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10 publications

Bourdareau, Simon; Tirichine, Leila; Lombard, Bérangère; Loew, Damarys; Scornet, Delphine; Wu, Yue; Coelho, Susana M; Cock, Mark J

Histone modifications during the life cycle of the brown alga Ectocarpus Article de journal

Dans: Genome Biology, vol. 22, no. 1, 2021, ISSN: 1474760X.

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Eisenhofer R Armbrecht L, Utge J

Paleo-diatom composition from Santa Barbara Basin deep-sea sediments: a comparison of 18S-V9 and diat-rbcL metabarcoding vs shotgun metagenomics. Article de journal

Dans: ISME Commun, 2021.

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Morot, Amandine; Fekih, Sahar El; Bidault, Adeline; Ferrand, Alizée Le; Jouault, Albane; Kavousi, Javid; Bazire, Alexis; Pichereau, Vianney; Dufour, Alain; Paillard, Christine; Delavat, François

Virulence of Vibrio harveyi ORM4 toward the European abalone Haliotis tuberculata involves both quorum sensing and a type III secretion system Article de journal

Dans: Environmental Microbiology, vol. 23, no. 9, p. 5273-5288, 2021.

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Zhao, Xue; Rastogi, Achal; Cabanillas, Anne Flore Deton; Mohamed, Ouardia Ait; Cantrel, Catherine; Lombard, Berangère; Murik, Omer; Genovesio, Auguste; Bowler, Chris; Bouyer, Daniel; Loew, Damarys; Lin, Xin; Veluchamy, Alaguraj; Vieira, Fabio Rocha Jimenez; Tirichine, Leila

Genome wide natural variation of H3K27me3 selectively marks genes predicted to be important for cell differentiation in Phaeodactylum tricornutum Article de journal

Dans: New Phytologist, p. nph.17129, 2021, ISSN: 0028-646X.

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Hoguin, Antoine; Rastogi, Achal; Bowler, Chris; Tirichine, Leila

Genome ‑ wide analysis of allele ‑ specific expression of genes in the model diatom Phaeodactylum tricornutum Article de journal

Dans: Scientific Reports, p. 1–10, 2021, ISSN: 2045-2322.

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Rahmani, Alexandra; Delavat, François; Lambert, Christophe; Goic, Nelly Le; Dabas, Eric; Paillard, Christine; Pichereau, Vianney

Implication of the Type IV Secretion System in the Pathogenicity of Vibrio tapetis, the Etiological Agent of Brown Ring Disease Affecting the Manila Clam Ruditapes philippinarum Article de journal

Dans: Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, vol. 11, p. 634427, 2021, ISSN: 2235-2988.

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Poulet, Axel; Mishra, Laxmi Narayan; Téletchéa, Stéphane; Hayes, Jeffrey J; Jacob, Yannick; Thiriet, Christophe; Duc, Céline

Identification and characterization of histones in Physarum polycephalum evidence a phylogenetic vicinity of Mycetozoans to the animal kingdom Article de journal

Dans: NAR Genomics and Bioinformatics, vol. 3, no. 4, 2021, ISSN: 2631-9268, (lqab107).

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Duc, Céline; Thiriet, Christophe

Replication-Coupled Chromatin Remodeling: An Overview of Disassembly and Assembly of Chromatin during Replication Article de journal

Dans: International Journal of Molecular Sciences, vol. 22, no. 3, 2021, ISSN: 1422-0067.

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Hoguin, Antoine; Mohamed, Ouardia Ait; Bowler, Chris; Genovesio, Auguste; Vieira, Fabio Rocha Jimenez; Tirichine, Leila

Evolutionary analysis of DNA methyltransferases in microeukaryotes: Insights from the model diatom Phaeodactylum tricornutum Article de journal

Dans: bioRxiv, 2021.

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Armbrecht, Linda; Eisenhofer, Raphael; Utge, José; Sibert, Elizabeth C; Rocha, Fabio; Ward, Ryan; Karlusich, Juan José Pierella; Tirichine, Leila; Norris, Richard; Summers, Mindi; Bowler, Chris

Paleo-diatom composition from Santa Barbara Basin deep-sea sediments: a comparison of 18S-V9 and diat-rbcL metabarcoding vs shotgun metagenomics Article de journal

Dans: ISME Communications, vol. 1, no. 1, p. 1–10, 2021.

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8 publications

Ait-Mohamed, Ouardia; Vanclová, Anna M G Novák; Joli, Nathalie; Liang, Yue; Zhao, Xue; Genovesio, Auguste; Tirichine, Leila; Bowler, Chris; Dorrell, Richard G

PhaeoNet: A Holistic RNAseq-Based Portrait of Transcriptional Coordination in the Model Diatom Phaeodactylum tricornutum Article de journal

Dans: Frontiers in Plant Science, vol. 11, 2020, ISSN: 1664462X.

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Carraro, Nicolas; Richard, Xavier; Sulser, Sandra; Delavat, François; Mazza, Christian; van der Meer, Jan Roelof

An analog to digital converter controls bistable transfer competence development of a widespread bacterial integrative and conjugative element Article de journal

Dans: eLife, vol. 9, p. 1–40, 2020, ISSN: 2050084X.

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Zhao, Xue; Hoguin, Antoine; Chaumier, Timothée; Tirichine, Leila

Epigenetic control of diatom genomes: An overview from in Silico characterisation to functional studies Chapitre d'ouvrage

Dans: The molecular life of diatoms, Springer Nature Switzerland AG, 2020.

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Sato, Shinya; Nanjappa, Deepak; Dorrell, Richard G; Vieira, Fabio Rocha Jimenez; Kazamia, Elena; Tirichine, Leila; Veluchamy, Alaguraj; Heilig, Roland; Aury, Jean Marc; Jaillon, Olivier; Wincker, Patrick; Fussy, Zoltan; Obornik, Miroslav; Muñoz-Gómez, Sergio A; Mann, David G; Bowler, Chris; Zingone, Adriana

Genome-enabled phylogenetic and functional reconstruction of an araphid pennate diatom Plagiostriata sp. CCMP470, previously assigned as a radial centric diatom, and its bacterial commensal Article de journal

Dans: Scientific Reports, vol. 10, no. 1, p. 1–12, 2020, ISSN: 20452322.

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Rastogi, Achal; Vieira, Fabio Rocha Jimenez; Deton-Cabanillas, Anne-Flore; Veluchamy, Alaguraj; Cantrel, Catherine; Wang, Gaohong; Vanormelingen, Pieter; Bowler, Chris; Piganeau, Gwenael; Hu, Hanhua; Others,

A genomics approach reveals the global genetic polymorphism, structure, and functional diversity of ten accessions of the marine model diatom Phaeodactylum tricornutum Article de journal

Dans: The ISME journal, vol. 14, no. 2, p. 347–363, 2020.

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Fan, Xiao; Han, Wentao; Teng, Linhong; Jiang, Peng; Zhang, Xiaowen; Xu, Dong; Li, Chang; Pellegrini, Matteo; Wu, Chunhui; Wang, Yitao; Kaczurowski, Michelle Joyce Slade; Lin, Xin; Tirichine, Leila; Mock, Thomas; Ye, Naihao

Single-base methylome profiling of the giant kelp Saccharina japonica reveals significant differences in DNA methylation to microalgae and plants Article de journal

Dans: New Phytologist, vol. 225, no. 1, p. 234–249, 2020, ISSN: 14698137.

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Zhao, Xue; Cabanillas, Anne Flore Deton; Veluchamy, Alaguraj; Bowler, Chris; Vieira, Fabio Rocha Jimenez; Tirichine, Leila

Probing the Diversity of Polycomb and Trithorax Proteins in Cultured and Environmentally Sampled Microalgae Article de journal

Dans: Frontiers in Marine Science, vol. 7, p. 189, 2020, ISSN: 2296-7745.

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Rathor, Pramod; Borza, Tudor; Liu, Yanhui; Qin, Yuan; Stone, Sophia; Zhang, Junzeng; Hui, Joseph P M; Berrue, Fabrice; Groisillier, Agnès; Tonon, Thierry; Yurgel, Svetlana; Potin, Philippe; Prithiviraj, Balakrishnan

Low Mannitol Concentrations in Arabidopsis thaliana Expressing Ectocarpus Genes Improve Salt Tolerance Article de journal

Dans: Plants, vol. 9, no. 11, 2020, ISSN: 2223-7747.

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5 publications

Murik, Omer; Tirichine, Leila; Prihoda, Judit; Thomas, Yann; Araújo, Wagner L; Allen, Andrew E; Fernie, Alisdair R; Bowler, Chris

Downregulation of mitochondrial alternative oxidase affects chloroplast function, redox status and stress response in a marine diatom Article de journal

Dans: New Phytologist, vol. 221, no. 3, p. 1303–1316, 2019, ISSN: 14698137.

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Huang, Ruiping; Ding, Jiancheng; Gao, Kunshan; de Carvalho, Maria Helena; Tirichine, Leila; Bowler, Chris; Lin, Xin

A Potential Role for Epigenetic Processes in the Acclimation Response to Elevated pCO2 in the Model Diatom Phaeodactylum tricornutum Article de journal

Dans: Frontiers in Microbiology, vol. 9, p. 3342, 2019, ISSN: 1664-302X.

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Shao, Zhanru; Thomas, Yann; Hembach, Lea; Xing, Xiaohui; Duan, Delin; Moerschbacher, Bruno M; Bulone, Vincent; Tirichine, Leila; Bowler, Chris

Comparative characterization of putative chitin deacetylases from Phaeodactylum tricornutum and Thalassiosira pseudonana highlights the potential for distinct chitin-based metabolic processes in diatoms Article de journal

Dans: New Phytologist, vol. 221, no. 4, p. 1890–1905, 2019, ISSN: 14698137.

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Caputi, L; Carradec, Q; Eveillard, D; Kirilovsky, A; Pelletier, E; Karlusich, J J Pierella; Vieira, F Rocha Jimenez; Villar, E; Chaffron, S; Malviya, S; Scalco, E; Acinas, S G; Alberti, A; Aury, J -M; Benoiston, A -S; Bertrand, A; Biard, T; Bittner, L; Boccara, M; Brum, J R; Brunet, C; Busseni, G; Carratalà, A; Claustre, H; Coelho, L P; Colin, S; Daniello, S; Silva, C Da; Core, M Del; Doré, H; Gasparini, S; Kokoszka, F; Jamet, J -L; Lejeusne, C; Lepoivre, C; Lescot, M; Lima-Mendez, G; Lombard, F; Lukeš, J; Maillet, N; Madoui, M -A; Martinez, E; Mazzocchi, M G; Néou, M B; Paz-Yepes, J; Poulain, J; Ramondenc, S; Romagnan, J -B; Roux, S; Manta, D Salvagio; Sanges, R; Speich, S; Sprovieri, M; Sunagawa, S; Taillandier, V; Tanaka, A; Tirichine, Leila; Trottier, Camille; Uitz, J; Veluchamy, A; Veselá, J; Vincent, F; Yau, S; Kandels-Lewis, S; Searson, S; Dimier, C; Picheral, M; Bork, P; Boss, E; de Vargas, C; Follows, M J; Grimsley, N; Guidi, L; Hingamp, P; Karsenti, E; Sordino, P; Stemmann, L; Sullivan, M B; Tagliabue, A; Zingone, A; Garczarek, L; DÓrtenzio, F; Testor, P; Not, F; DÁlcalà, M R; Wincker, P; Bowler, C; Iudicone, D

Community-Level Responses to Iron Availability in Open Ocean Plankton Ecosystems Article de journal

Dans: Global Biogeochemical Cycles, vol. 33, no. 3, 2019, ISSN: 19449224.

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Duc, Céline; Yoth, Marianne; Jensen, Silke; Mouniée, Nolwenn; Bergman, Casey M; Vaury, Chantal; Brasset, Emilie

Trapping a somatic endogenous retrovirus into a germline piRNA cluster immunizes the germline against further invasion Article de journal

Dans: Genome Biology, vol. 20, no. 1, p. 127, 2019, ISSN: 1474-760X.

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